Por volta do ano 1000, os
índios tapuias que habitavam o sul do Espírito Santo foram expulsos para o interior do continente devido à chegada de povos
tupis procedentes da
Amazônia. No século XVI, quando chegaram os primeiros europeus à região, esta era ocupada pela tribo tupi dos
temiminós[7]. Marataízes partilha sua origem histórica com o município de
Itapemirim, cujo povoamento europeu se iniciou em 1539, quando Pedro da Silveira estabeleceu fazenda perto da foz do
Rio Itapemirim. Em 1700, chegaram, da
Bahia, Domingos Freitas Bueno Caxangá, Pedro Silveira e outros, que se ocuparam da cultura da cana-de-açúcar, dando continuidade à construção do povoado.
Em 1771, quando os índios
puris atacaram as Minas do Castelo (atual município de
Castelo), seus moradores se refugiaram na foz do rio Itapemirim, fundando, naquele local, a Freguesia de Nossa Senhora do Patrocínio, hoje Barra do Itapemirim. Devido às facilidades de transporte e à segurança oferecida pelo ancoradouro interno a pequenas embarcações, a Freguesia progrediu rapidamente. Foi, sem dúvida, o ponto de partida de toda a colonização do Sul do Espírito Santo. O Porto da Barra do Itapemirim era a porta de saída de produtos da terra e a entrada dos primeiros colonizadores. Pela Barra do Itapemirim, entraram homens e as máquinas, o progresso, a civilização, a cultura e a arte. Pelo porto, entraram os vagões da estrada de ferro e saiu toda a produção de açúcar, aguardente e café, que, já em 1852, era superior a 100 000 arrobas, ou seja, 1 500 toneladas.
Em 1996, Marataízes se emancipou, se tornando um município independente.